民眾意見如下：
1. 縣府規劃當地污水截流並做污水處理屬緩兵之計，一定要從整個都市計畫區進行雨污分流規劃。
2. 水資中心處理後之水量用途是否有做規劃，農牧用地或需灌溉土地是否能由縣府設置管線供給澆灌。
3. 雙湖段 575-2 地號原先籃球場用地請保留該規劃用地，以作為後續新建活動中心使用。
4. 有關廠址與當地公廟面向相對造成觀感問題，是否能偏離一點。
5. 請依照相關環保標準施作，並改善吹南風時有污水處理廠臭味之疑慮。
6. 民眾建議採納:雙湖段 575-2 地號原先籃球場用地保留，廠址與當地公廟面向相對造成觀感問題採納偏離。

澎湖縣政府回覆：
1. 近二年均有邀請民眾參觀西衛污水處理廠，並積極改善水質及臭味。
2. 後續規劃設計時將會把各里民建議納入討論中，評估可行性之改善方案，並於規劃設計案審查通知在地村里辦公室及社區發展協會出席。
3. 本府每年均編列經費委請專業廠商維護，經過污水處理後的地方，初期對水質改善有明顯效果，而生態環境的恢復則需較長的時間孕育復原。
4. 廠址依提議之建議，目前規劃往左側稍微偏移。