民國93年10月1日，本府組織重整，由原來的建設局土木課、港灣課、採購執行課等三課，併同新增之下水道課 ，共同組成工務局。
 
民國100年，本府組織編修，工務局改制為工務處，二級單位課變更為科，賡續辦理本縣公共工程之建設及政府採購業務之推行，同時積極擴展為民服務。