一、依據「罕見疾病防治工作獎勵及補助辦法」辦理。
二、申請對象：
(一)教學醫院。
(二)大學院校、公立研究機構，或依法設立、登記，以中央主管機關或教育部為目的事業主管機關之法人研究機構。
(三)以促進罕見疾病防治或病人權益為設立宗旨，依法設立、登記之全國性社團法人、財團法人或人民團體。
三、補助範圍依罕見疾病防治工作獎勵及補助辦法第5條之規定，116年補助重點如下：
(一)培育罕見疾病防治有關之研究、診斷、檢驗、治療所需之必要專業人力。
(二)進行罕見疾病防治有關之學術研究及臨床研究：建議以人為對象之臨床研究、診斷、疾病防治(含倫理議題)與身心靈關懷服務為主，且能夠直接提供政策參採之研究議題；排除動物及細胞試驗之基礎研究。
(三)購置罕見疾病防治有關之研究、診斷、檢驗、治療所需之專用設備。
(四)進行罕見疾病防治有關之學術交流及宣導：建議強化民眾之罕見疾病防治/篩檢/檢測相關衛教宣導。
(五)上述所提計畫研究之疾病應以罕見疾病為主要範圍，如有收案，收案對象以罕見疾病個案為主；若研究之疾病為潛在罕見疾病(及病人)，須敘明與罕見疾病防治的關聯性與重要性；與罕見疾病防治工作不相關者，不予補助。
四、機構、法人或團體，得予全部或部分之補助；各計畫視需要，應配合於罕見疾病及藥物審議會報告成果。
(一)跨機構整合型計畫：以進行罕見疾病防治有關之學術研究及臨床研究為限。全國多家機構參與合作執行(共同申請)，需涵蓋全國北中南醫院且至少涵蓋該申請罕見疾病全國70%以上個案，每個機構每年最高上限300萬，若有5家機構參與，該計畫每年最高上限1,500萬；多年期計畫以4年為限。
(二)單一機構計畫：每一申請單位之補助金額，每年每申請單位補助金額以100萬元為上限；多年期計畫以3年為限。
五、請有意者於115年10月30日（五）（含）前，依所附公開甄選作業須知，將計畫書函送衛生福利部國民健康署，俾辦理審查。