農牧科
一、農業推廣(科員：王文毅；分機：267)
雜糧改良與農業宣導暨糧食管理
蔬菜生產輔導
作物病蟲害防治工作
農藥管理輔導
種苗管理輔導
肥料管理、農畜產品走私進口督導與銷毀處理(技士：王文毅；分機：267、科員：羅章哲；分機：270)
農情調查及農業天然災害查報(約聘：徐晨翔；分機：263)
二、畜產推廣(技士：李玉玲；分機：264)
一般畜牧行政管理
家畜禽推廣輔導
飼料作物管理及抽驗
肉品市場業務
畜情動態調查及天然災害受損查報及救助
三、農會輔導(約僱人員：郭明順；分機：265)
農會會務、農會業務
農民保險業務輔導
農會專案貸款
農宅及農漁村社區環境改善
農村新風貌業務
四、農地利用(技士：羅章哲；分機：270)
農業用地變更其他使用同意申請
農業用地容許作農業設施使用審查
農業用地作農業使用認定及核發證明
農業用地不課徵各種稅賦管理
農業用地污染、作物損害查估
配合各目的事業會勘、審核
漁政管理科
科長：陳世新科長；電話：06-9262620#120
一、漁業行政管理
漁業管理(技士：黃郁仁；分機：121)
漁船管理(約僱：朱展宏；分機：126)
船員管理(技士：高秀銖；分機：125)
漁業調查統計(專臨：洪美珍；分機：123)
二、漁業生產獎勵
輔導海洋漁業發展、設置漁業資源保護區放流魚貝介種苗(技士：胡景榕；分機：122)
配合海巡署取締入侵本縣海域作業之大陸漁船沒入漁具、漁獲工作(科員：王沛元；分機：129)
三、加強漁業管理
取締非法捕魚(技士：黃郁仁；分機：121)
漁港清潔維護(科員：王沛元；分機：129)
漁業輔導科
一、養殖漁業輔導(專臨：蔡鎮宇；分機136
養殖漁業登記證管理
漁業權管理
二、水產品安全檢驗及行銷(技士：施佳宏；分機131)
水產品安全抽檢驗
水產品產地證明
初級水產品加工廠輔導
水產品行銷推廣
澎湖優鮮認證標章教育訓練(專臨：黃馨儀；分機:138)
三、漁會輔導(科員：陳源福；分機133)
輔導澎湖區漁會辦理召開理事會、監事會
漁會輔導及農業金融業務督導
漁民保險輔導
魚市場輔導
四、漁業災害處理
漁民船海難通報處理與慰助(專臨：歐妃格；分機140)
漁業天然災害救助(技士：施佳宏；嚴子林；分機139)
生態保育科
一、「海域」野生動物保育：燕鷗及海龜救傷收容、鯨豚救傷、屍體處置、海洋保育類動物陳列及展示申請、保育類產製品管理、違法裁罰等（技士：周楷倫；分機115、專臨：張瀞心；分機113）
二、「陸域」野生動物保育：保育類鳥類救傷、生物多樣性及入侵種移除、保育類產製品管理及違法裁罰等（專臨：許志偉；分機117）
三、珍貴老樹管理維護（專臨：鄭鳳皓；分機117）
四、地質公園之推動（技士：吳坤霖；分機114）
五、國家重要濕地管理維護（專臨：許志偉；分機117）
六、保護（留）區管理維護：保護區燕鷗調查、海龜調查、依法審查進入保護留區案件、保護留區巡護及違法裁罰等（技士：周楷倫；分機115、專臨：張瀞心；分機113、技士：吳坤霖；分機114、專臨：許志偉；分機117）
行政科
一、綜合業務(研考)(科員：張正凱；分機：251)
二、農路興建及維護(技士：許志豪；分機：254)
三、文書收發、檔案管理(書記：施曉君；分機：156、辦事員：洪輝明；分機：157)
四、工程、財物、勞務招標採購(技士：許志豪；分機：254、技佐：呂敬堯；分機：253)
五、總務(財產管理)、出納(科員：王楚涵；分機：256、科員：呂秀琳；分機：255)
會計室
依法辦理歲計、會計及統計事項(辦事員：黃瀞儀；分機：162)
人事室
