本處設處長、副處長及下列各科
1.自治行政科
2.宗教禮俗科
3.戶政科
3-1.馬公市戶政事務所
3-2.湖西鄉戶政事務所
3-3.白沙鄉戶政事務所
3-4.西嶼鄉戶政事務所
3-5.望安鄉戶政事務所
3-6.七美鄉戶政事務所
4.兵役科
5.殯葬管理科