本館的籌設，最早可追溯到民國87年澎湖縣議會第十四屆第二次臨時會胡俊傑議員提案，建議縣府應規劃成立縣級大型綜合博物館。為推動以上提案，縣府所屬文化中心隨即將本案納入88-91年澎湖縣四年綜合發展計畫中，並成為重大縣政建設計畫。民國88年起並開始籌措規劃經費，「澎湖縣地方文物館」設置計畫正式啟動。

88年召開「設置澎湖綜合文物館」二次諮詢座談會，討論相關發展方向，結論並將本案名稱暫定為「澎湖漁業博物館」。 89年4月以「生態博物館」概念為基礎，強調本館為動態的、活性的、質樸親近的博物館，更為完整介紹澎湖風土民情、澎湖人生活的博物館，至此，澎湖綜合文物館定調為「澎湖生活博物館」，取生態博物館、社區博物館之新博物館學概念為規劃方向，並以「澎湖人」為博物館主體，故不使用「物」觀點成分較高的「生態」，而改以「人」觀點的「生活」，同時彙納「生活即文化，文化即生活」的文化意涵，「澎湖生活博物館」是立基「澎湖人」軸心的島嶼博物館。

90年底委託國立台北藝術大學傳統藝術研究中心江韶瑩教授進行「澎湖生活博物館調查研究與設置規劃」之前置研究，經過約一年之時間，完成「澎湖生活博物館調查研究與設置規劃計畫報告書」，設館位置正式定案坐落於「西文營區」，本報告書成為籌備建館之發展基礎。92年縣府隨即編列設計規劃監造經費，開啟實質建設。

「澎湖生活博物館」新建館舍建築與展示設計，於92年經公開徵選比圖後由本縣旅外鄉親林獻瑞建築師事務所得標，於93年完成建築物及展示規劃設計。同時開始爭取離島建設基金籌措建設經費，逐年編列預算，工程分項發包，建築工程由達茂營造有限公司得標，水電工程由台昆水電工程有限公司得標，空調工程由翌暘公司，全館主體建築、水電及空調工程於97年底完工。接續進行展示工程由台北名匠設計股份公司得標，並於98年底完成竣工，全館設置經費計需約新台幣三億五千萬元。

本館之籌建歷經十餘年，在歷任縣長全力支持下，文化局歷任局長全心投入推動，暨文化局全體同仁戮力同心、地方文史工作者與博物館專家學者共力協助下，全館於99年4月3日正式開館，肩負澎湖博物館事業核心館任務。