依據「外籍遊艇申請進入國際商港或遊艇港作業程序」及「外籍遊艇出國際商港或遊艇港作業程序」，外籍遊艇須於進入遊艇港48小時前、國際商港4小時前，向港務局申請進港同意(以電話、傳真、無線電話或網路方式辦理)，另應於出港12小時前申辦簽證，通報出港時間、人員、船舶等資料，由CIQS等相關單位依權責執行相關檢查；本國籍遊艇如涉及入出境者，係參照上開規定辦理。
至外國籍遊艇申請非國際商港停泊時，尚須依立法院99年11月修正通過之船舶法第8條規定申請特許。(MTnet航港單一窗口服務平臺申請填報)