澎湖縣政府現行行政組織設置民政局、財政局、建設局、教育局、工務局、旅遊局、社會局、兵役局、地政局、行政室、計畫室、主計室、人事室、政風室等14單位。所屬機關包括警察局、消防局、衛生局、環保局、農漁局、文化局、稅捐稽徵處及縣營公用事業單位之公共車船管理處。所屬二級機關有：地政事務所、家畜疾病防疫所、體育場、水產種苗繁殖場、家庭教育中心及6個戶政事務所。另有14所國民中學、41所國民小學等。縣轄區劃為馬公市、湖西鄉、白沙鄉、西嶼鄉、望安鄉、七美鄉等1市5鄉97村里。